GENEQUALITY^®Whole Exome Sequencing Kit

Descrizione

Il kit GENEQUALITY^®Whole Exome Sequencing è un dispositivo CE-IVD per la preparazione di librerie arricchite per l’esoma e il genoma mitocondriale compatibili con applicazioni di sequenziamento di nuova generazione (NGS).

Caratteristiche rilevanti

• È in grado di sequenziare circa 42Mb di esoma umano (19.441 geni coperti) e include il genoma mitocondriale
• Il kit detecta: CNVs, InDels, SNPs, SNV
• Il dispositivo è validato su DNA estratto da sangue intero
• Sono richiesti dai 10ng ai 500ng di DNA estratto
• Utilizzato in associazione con i kit GENEQUALITY^® Library Prep, GENEQUALITY^® Purification kit, GENEQUALITY^® Unique Dual Indexes permette di prepaprare le librerie per il sequenziamento NGS
• È validato su piattaforme di sequenziamento Illumina: (NovaSeq6000, NextSeq500/550)
• Il kit è CE-IVD in accordo con il Regolamento EU 2017/746 (IVDR)

Contenuto del kit

• Il dispositivo contiene tutti i reagenti necessari per la preparazione delle librerie genomiche

Approfondimento

Il Sequenziamento Completo dell’Esoma (Whole Exome Sequencing, WES) è una tecnica di Sequenziamento di Nuova Generazione (NGS) ad alta processività progettata per catturare e sequenziare le regioni esoniche codificanti per le proteine (esoni) del genoma umano. Il WES consente l’analisi di un vasto numero di frammenti di DNA, fornendo la sequenza dell’intera regione genomica codificante di un individuo che comprende approssimativamente 20.000 geni1,2, permettendo l’analisi dettagliata di potenziali contributi genetici associati a condizioni patologiche. Nonostante la regione codificante rappresenti solo l’1% dell’intero genoma, si stima che fino all’85% di tutte le mutazioni patogeniche ricada in questa regione3.

Il sequenziamento dell’esoma comprende due processi principali: l’arricchimento del target e il sequenziamento. Nella fase di arricchimento del target, l’esoma viene selezionato e catturato dal campione di DNA attraverso la preparazione della libreria, che coinvolge la frammentazione del DNA e l’attaccamento delle sequenze di adattatori e indici per il successivo sequenziamento. Il passaggio successivo prevede l’arricchimento del target attraverso la cattura per ibridazione delle sonde biotinilate specificamente progettate per catturare le regioni esoniche e il genoma mitocondriale. L’arricchimento specifico assicura il sequenziamento preferenziale delle sequenze codificanti, minimizzando il sequenziamento delle regioni non codificanti. La libreria preparata viene poi sottoposta a sequenziamento ad alta processività con piattaforme Illumina. I dati di sequenziamento risultanti subiscono un’analisi bioinformatica, che include l’allineamento al genoma di riferimento, la chiamata delle varianti e l’annotazione. Questo rigoroso processo computazionale mira a identificare varianti di singoli nucleotidi (SNV), inserzioni, delezioni e variazioni strutturali all’interno delle regioni esoniche. L’analisi comprensiva permette l’identificazione di variazioni genetiche associate a malattie o condizioni di interesse.

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