Descrizione
Il kit NGS DeepChek® Assay Whole Genome HIV-1 Genotyping v2 è un dispositivo RUO che utilizza la tecnologia RT-PCR per amplificare l’intero genoma del virus dell’immunodeficienza umana di tipo 1 (HIV-1) a partire da RNA estratto da campioni di plasma, siero o sangue intero.
Gli ampliconi prodotti con questo kit possono essere utilizzati per il sequenziamento di nuova generazione (NGS) e, tramite un software di analisi, è possibile genotipizzare il virus HIV-1, identificare le mutazioni presenti nel genoma di HIV-1 e confrontarle con le banche dati di riferimento per ottenere informazioni sulla suscettibilità ai farmaci antiretrovirali.
Caratteristiche rilevanti
- Sequenziamento dell’intero genoma di HIV-1 per identificare
- mutazioni associate alla resistenza di antiretrovirali inclusi i nuovi farmaci inibitori di entrata e inibitori del capside
- Sottotipo HIV
- Mutazioni APOBEC
- Eccellente copertura di tutti i sottotipi rappresentativi di HIV-1 dei ceppi del gruppo M (A1, A2, B, C, D, F1, F2, G, H, J, K e L)
- Compatibile con molti sistemi di estrazione e matrici differenti
- Sono richiesti 50 µL di RNA estratto
- Può essere utilizzato anche per valutare DNA provirale
Contenuto del kit
- Il dispositivo include tutti i reagenti necessari per eseguire lo step di retrotrascrizione ed amplificazione
Approfondimento
Il virus dell’immunodeficienza umana di tipo 1 (HIV-1) è responsabile dell’infezione da HIV che può portare alla sindrome da immunodeficienza acquisita (AIDS).
HIV-1 possiede un genoma a RNA e si trasmette principalmente tramite contatto con sangue infetto, liquidi corporei o da madre a figlio durante la gravidanza, il parto o l’allattamento.
Il trattamento dell’HIV-1 si basa su terapie antiretrovirali (ART) che combinano più farmaci per ridurre la carica virale e migliorare la qualità della vita dei pazienti.
Tuttavia, la resistenza ai farmaci antiretrovirali è un problema crescente e può emergere a causa di mutazioni in vari geni e regioni del genoma virale:
- Trascrittasi inversa (RT):
- inibitori della trascrittasi inversa nucleosidici (NRTI)
- inibitori della trascrittasi inversa non nucleosidici (NNRTI)
- Proteasi (PR):
- inibitori della proteasi.
- Integrasi (INT):
- inibitori dell’integrasi.
- Glicoproteina 41 (GP41):
- inibitori della fusione.
- Glicoproteina 120 (GP120):
- inibitori dell’entrata.
- Proteine GAG (GAG):
- inibitori del Capside.
Mutazioni nel DNA provirale di HIV-1, integrate nel genoma dell’ospite, possono anche conferire resistenza ai farmaci e complicare ulteriormente il trattamento. Inoltre, le mutazioni APOBEC, introdotte dall’enzima umano APOBEC3G durante la replicazione virale, possono provocare modifiche nel genoma di HIV-1, contribuendo alla diversità genetica del virus e potenzialmente alla resistenza ai farmaci.
Il sequenziamento dell’intero genoma di HIV-1 permette non solo di identificare il sottotipo ma anche di identificare le mutazioni responsabili delle resistenze di tutte le classi di inibitori, inclusi i nuovi farmaci inibitori dell’”entrata” e del capside, permettendo così di avere una visione completa del genoma virale ed identificare la terapia antivirale adatta.
Informazioni per gli ordini
| Codice | Prodotto | Confezionamento |
|---|---|---|
| 20-170B24_v2_RUO | DeepChek® Assay Whole Genome HIV-1 Genotyping v2 Kit | 24 test |